Após a primeira turma da FAMECA, foi imperativo criar programas de Especialização, inicialmente como Estágios, sob a  denominação de PROTREME (Programa de Treinamento Médico), em 1976.

Os primeiros programas contemplaram Clínica Médica, Cirurgia Geral, Obstetrícia e Ginecologia, Pediatria, Ortopedia e Cirurgia Plástica, todos credenciados pelas respectivas Sociedades. Não havia bolsas e a Instituição oferecia ao Estagiário apenas alimentação e moradia.

Os primeiros Programas de Residência Médica foram credenciados pela CNRM-MEC em 1990.

A partir de fevereiro de 1993, as bolsas passaram a ser pagas pela Secretaria do Estado de Saúde, e as do Projeto Pró-Residência, pelo Ministério da Saúde, a partir de 2009.

Desde 2003, o concurso de Residência Médica da FAMECA é realizado pela Fundação Carlos Chagas, juntamente com o Concurso do Público do SUS – Sistema Único de Saúde - da Secretaria do Estado de São Paulo.

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